自1994年起，梅萌主任受命創(chuàng)辦清華科技園，自此一直從事清華科技園的建設(shè)和管理工作，對中國大學(xué)科技園的建設(shè)和發(fā)展、產(chǎn)學(xué)研合作等問題有著全面而深入的研究和豐富的實踐經(jīng)驗。他提出的科技園“四聚模式”理論，對科技園以及區(qū)域創(chuàng)新體系的建設(shè)和發(fā)展都有著重要影響。
本科畢業(yè)留校后歷任清華大學(xué)校團委部長、副書記，清華大學(xué)校長辦公室主任、清華大學(xué)教育基金會副秘書長等職務(wù)。1994年創(chuàng)建清華科技園，長期從事清華科技園的發(fā)展建設(shè)工作。目前兼任清華科技園發(fā)展建設(shè)委員會秘書長、清華留學(xué)人員創(chuàng)業(yè)園主任、清華科技園創(chuàng)業(yè)投資有限公司董事長等職。曾發(fā)表過《大學(xué)科技園的創(chuàng)新職能與孵化體系》、《知識經(jīng)濟的加速器--清華科技園的理念和發(fā)展戰(zhàn)略》、《大學(xué)科技園建設(shè)的幾點思考》等論文，對中國大學(xué)科技園的建設(shè)和發(fā)展有著全面而深入的研究和獨到的見解。

作為清華大學(xué)教授，梅萌主任還在清華大學(xué)開設(shè)了《科技創(chuàng)業(yè)理論與實務(wù)》、《創(chuàng)業(yè)機會識別與商業(yè)計劃》、《創(chuàng)辦新企業(yè)》等課程，致力于在大學(xué)校園培育創(chuàng)新人才、弘揚創(chuàng)業(yè)文化。